GengLee's Blog

😏 做個迷人的混蛋 桀驁而不失鋒範

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The concept and meaning of Ka,Ks


Ks (synonymous substitutions): A base mutation in a codon does not change the amino acid encoded by the codon.
Ka (nonsynonymous substitutions): A base mutation in a codon changes the amino acid encoded by that codon.


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实战目的


Pkinase_maize_hmm.txt 是一个含有所需要提取蛋白名称(target name)的 txt 文件,Zea_mays.B73_RefGen_v4.pep.all.fa 文件是一个含有玉米基因组所有蛋白序列信息的 fa 文件,目的就是从 fa 文件提取我们所需蛋白名称的序列。


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SnapATAC简介


SnapATAC (Single Nucleus Analysis Pipeline for ATAC-seq) 是一个能够快速、准确和全面分析单细胞ATAC-seq数据的R包,它可以对单细胞ATAC-seq数据进行常规的数据降维、聚类和批次校正分析,鉴定远端调控元件并预测其调控的靶基因,调用chromVAR软件进行motif分析,同时还可以将scRNA-seq和scATAC-seq数据进行整合分析等。


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